Jupiter possède aussi un énorme champ magnétique--équivalent d'un aimant central 20 000 fois plus puisant que celui de la Terre, son champ au bord visible de la planète étant environ 10 fois plus intense que la nôtre. Sa ceinture de radiation est aussi beaucoup plus intense, suffisamment pour endommager Pioneer 10, la première sonde spatiale à le rencontrer. Le plasma piégé par cette ceinture, un énorme courant d'anneau , provoquant une zone de faibles champs près de l'équateur de la "magnétosphère" de Jupiter, est quelque peu similaire à la queue magnétique de la Terre.
La structure de la ceinture de radiation n'est pas uniforme, mais présente des dépressions à cause des lunes qui absorbent une partie des particules piégées.
Mais l'une d'elle, à proximité de la planète repérée par Mario Acuña) ne semblait pas correspondre à une lune: l'examen des images ont montré à cette distance un mince anneau planétaire, beaucoup plus minces que celui de Saturne, mais de même nature. Jupiter a aussi de brillantes aurores polaires, observées par le télescope Hubble, dues (comme pour la Terre) (E) aux électrons énergétiques en collision avec les atomes de la haute atmosphère.
Jupiter lui-même est composé de gaz, surtout d'hydrogène, avec des nuages d'ammoniac très colorés (voir image), des bandes et des tourbillons géants, dont certains sont très grands et d'une longue durée de vie - comme la fameuse "tache rouge" (une "tache rouge" plus petite a également été relevée, et plusieurs autres structures rondes caractéristiques). L'équateur tourne plus vite que les pôles (bien que la différence ne soit pas aussi prononcée que pour le Soleil), ce qui indique un flux intérieur de convection entre l'équateur et les pôles.
La raison pour laquelle Jupiter (et d'autres planètes gazeuses mais dans une moindre mesure) est magnétique est un casse-tête non résolu..
Certes, il est peu probable qu'il s'agisse d'un processus de dynamo, comme au coeur de la Terre . La taille tends à allonger l'échelle de temps des variations magnétiques - bien qu'elle ne soit pas la seule, comme le montre le rythme relativement rapide du cycle magnétique du Soleil. Une piste : dans le cadre de la haute pression du centre de Jupiter, l' hydrogène peut devenir un métal conducteur, peut-être sans résistance, un "supraconducteur". On pourrait croire que l'hydrogène, avec son unique électron ultrapériphérique, se comporte comme le sodium métal - mais la formation de la molécule H2 interfère avec ce comportement. Cependant, la molécule se casse sous de très hautes pressions.
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Jupiter détient de nombreux records parmi les planètes, (voir